Quand virus varie

Les Carnets de Badia Benjelloun

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 2120

Quand virus varie

Précautions

La précipitation du gouvernement et de l’Autorité de réglementation du médicament et des produits de santé (MHRA) britanniques à autoriser la vaccination dès le 1er décembre 2020 ne manque pas de surprendre. Le groupement Pfizer BioNTech venait juste par voie de presse de communiquer des résultats intermédiaires, en réalité préliminaires, de la phase qui permet de vérifier l’efficacité de la prévention du vaccin à ARNm. Celle-ci, démarrée début juillet, concernait 43 538 volontaires, parmi elles, 38 955 ont effectivement reçu deux doses à 3 semaines d’intervalle.

Les fabricants rechignent à conduire cette étape qui vérifie l’efficacité de médicaments et de dispositifs médicaux car elle est longue et donc coûteuse. De plus en plus, ils l’escamotent en invoquant l’urgence à autoriser leur produit de sorte qu’une fois mis sur la marché, ce sont les organismes de sécurité sociale qui en portent le poids financiers et les patients qui sont recrutés à leur insu pour expérimenter la nouvelle thérapeutique.

Pfizer a conclu à une efficacité de son vaccin à 95% le 9 novembre car, sur les 170 cas de Covid-19 symptomatiques, 8 avaient reçu effectivement les injections vaccinales et 162 n’avaient eu que le placebo. Il semble admis que les statistiques sont devenues la science des petits nombres.

Cette absence de précaution répond à une demande de la population britannique qui n’est pas vaccino-sceptique (20% d’anti-Vaxx contre plus de 45% en France) confrontée à un système de santé défaillant qui s’est montré encore moins adapté que ceux des pays du continent. Anticipant la rupture des liens avec l’Union européenne effective un mois plus tard, l’Autorité sanitaire britannique a affirmé sa souveraineté vis-à-vis de l’Agence européenne du médicament.

Au moment où furent lancées les procédures vaccinales et encore à ce jour, on ne savait rien de l’efficacité des vaccins sur plusieurs catégories de la population, les moins de 16 ans, les immunodéprimés, les patients atteints d’une maladie auto-immune et les sujets ayant fait une séroconversion par une Covid-19 apparente ou non. Les essais en phase 3 conduits par Astra-Zeneca pour son vaccin à base d’ADN en Afrique du Sud avaient en effet montré que 30% des volontaires étaient séropositifs pour le Sars-Cov2. Cette indication rend plausible que soit sous-estimée de part le monde la fraction déjà immunisée naturellement.

Il faut souligner que le retard pris par les Européens et surtout les Français a permis d’observer l’absence de déclenchement d’une réaction sous forme d’orage de cytokines comme ce fut le cas pour les essais de vaccins contre le Sars-Cov de 2002-2003 et du Mers-Cov de 2012.

La lenteur dans la hâte du Conseil scientifique français pourrait s’apprécier dans ce sens. En effet, une stimulation immunitaire n’est pas toujours bénéfique. Donc, constater la présence d’anticorps après une injection d’un candidat n’est pas gage de protection car outre des anticorps neutralisants,  il peut être suscité des anticorps facilitant l’infection. 

Par ailleurs, les dommages créés par les virus qui occasionnent des détresses respiratoires sont plus liés au désordre immunitaire qu’ils induisent, une sorte d’excès de réponse néfaste, qu’à un effet destructeur direct sur les cellules colonisées. Les essais tentés avec le virus Sars-Cov de 2002-2003 avaient été abandonnés dès les expérimentations sur l’animal car ils avaient montré que la prévention vaccinale donnait lieu à des effets adverses. En effet, quand ont été vaccinées des souris avec des virus inactivés ou une protéine spicule de synthèse, une fois infectées par voie nasale et sacrifiées 48 heures après, il a été constaté des infiltrats cellulaires dans le poumon des animaux témoignant d’une réaction immunitaire péjorative.

L’hypothèse que cette réaction hyper-immune serait plutôt déclenchée par les antigènes de la nucléocapside forts différents de ceux de la protéine spicule de surface, élue comme immunogène par tous les fabricants est actuellement admise. (*) 

Les scientifiques ne se sont pas inquiétés d’une éventuelle intégration du morceau d’ARNm simple brin dans le patrimoine génétique des cellules du receveur car elle est impossible. Pour être intégré à l’ADN nucléaire, il faudrait au préalable une transformation par un  équipement enzymatique (**) inexistant chez les mammifères enzymatique de l’ARN en ADN. une transcriptase inverse et des enzymes de coupure et d’insertion, des intégrases,. Ces enzymes ne peuvent pas non plus être produites par une séquence de rétrovirus fossiles. La vaccination par ARNm est encore moins une thérapie génique puisque celle-ci suppose le remplacement d’un gène défectueux par un gène fonctionnel que l’on introduit grâce à un certain nombre d’artifices assez complexes dans certaines cellules du receveur soit ex vivo soit in vivo. La durée de vie de l’ARNm injecté une fois parvenu dans le compartiment cytoplasmique où il est pris en charge par des ribosomes pour être traduit en protéine est de courte durée. Très vite, il se fait découper par des ribonucléases au point que certains fabricants (Imperial College of London, essais en cours) ont adjoint à la séquence codante pour la protéine spiculaire une enzyme ‘réplicase’, amplificatrice, afin d’optimiser le temps de la production protéique.

Une incertitude majeure dont ne s’exonère aucun laboratoire pharmaceutique concerne la durée de l’efficacité vaccinale, limitée on l’a compris, à réduire la gravité de la maladie virale. Il a été seulement constaté la persistance d’anticorps circulants reconnaissant la protéine spicule six mois après la deuxième injection. Remarque adjacente mais essentielle, seule  une exposition au virus n’entraînant pas de maladie vaut démonstration d’une protection.

Variations

Surtout, et c’est un requis exigible d’une prévention de masse, les sujets vaccinés sont-ils susceptibles de transmettre le virus ? Autrement dit, leur statut empêche-t-il la multiplication dans leur oropharynx et donc interdit la contamination d’individus vierges du contact avec le virus ? 

Cette question redouble celle qui inquiète les politiciens et les scientifiques à l’heure actuelle. L’apparition de ‘variants’, c’est-à-dire de groupes de virus sur des lignées qui pour certains seraient plus contagieux, pour d’autres plus pathogènes ou encore qui échapperaient au système immunitaire éduqué par la maladie conférée par la lignée dominante ou les vaccins actuellement disponibles. Certains variants peuvent accumuler les trois propriétés.

Il faut distinguer le taux de mutation d’un virus de son taux d’évolution. Tous les virus font des erreurs quand ils se répliquent, substitution, délétion ou répétition. Le Sars-Cov2 possède une enzyme de relecture qui les corrige, parfois quand le dispositif est dépassé par la vitesse de reproduction. Il a été recensé 80 000 génomes différents en août 2020 du Sars-Co2, en novembre pas moins de 180 000 ont été enregistrés dans une librairie publique. Elles ne sont significatives que si elles ne sont pas délétères pour le virus et qu’elle atteignent un niveau de stabilité suffisant pour générer un variant repérable par les pathologistes en raison de modifications de ses interactions avec l’hôte.

Les variants peuvent être figurés comme des grappes faisant issue sur des branches, les lignées, issues de l’ancêtre identifié à Wuhan en décembre 2019. La lignée qui a dominé en Europe et dans les Amériques est la lignée B1, repérée par 4 mutations dont la plus importante, notée D614G, concerne l’acide aminé 614 qui a échangé la glycine, neutre, contre l’acide aspartique (Les acides aminés sont désignés par convention par des lettres).

Les trois variants préoccupants actuellement viennent d’émerger dans trois pays, le Royaume-Uni, l’Afrique du Sud et le Brésil, ils ont acquis indépendamment les uns des autres une mutation commune, N501Y, qui modifie la polarité d’une région de la spicule, liant plus efficacement le virus au récepteur. Un quatrième vient d’être identifié en Californie. De manière non surprenante, ils se sont individualisés là où n’ont pas été appliquées avec rigueur les mesures sociales d’endiguement de l’épidémie, laissant le virus prospérer, condition de reproduction effrénée favorable à son évolution, sélectionnant des conformations plus transmissibles sinon plus pathogènes.

Les confinements, qui sont aussi ‘liberticides’ et destructeurs de l’économie, ont ralenti la propagation, réduit l’afflux des malades dans les services hospitaliers et les réanimations et limité aussi par là la sélection de souches plus agressives.

Le variant britannique, noté B.1.1.7, cumule 19 mutations dont 8 concernent la spicule. Il est crédité d’une capacité plus importante à être plus aisément transmis, de 30 à 50% selon les auteurs, liée soit à une plus grande affinité pour le récepteur cellulaire de la spicule, soit à un portage prolongé, voire les deux. B.1.1.7 va devenir dominant en France à partir de la mi-mars.

Le Sud-Africain, le B.1.351 (90% en Afrique du Sud), représente 4 à 5%  des contaminations en France avec des disparités régionales. Il a cumulé 18 mutations dont 8 sur la partie codant pour la protéine spiculaire. Il est comme le précédent et pour les mêmes raisons plus facilement transmissible mais surtout il a acquis une mutation (E484Y) sur l’acide aminé en position 484 sur la spicule qui a échangé une lysine basique contre l’acide glutamique. Il en résulte une modification de conformation qui le fait échapper à la protection acquise par la maladie naturelle ou celle conférée par les vaccins actuels.

Enfin, celui qui a été à l’origine de la deuxième vague catastrophique pour la population indigène à Manaus au Brésil, le B.1.1.248. Il a beaucoup de mutations communes avec le précédent, il est plus transmissible. Il a été montré à l’occasion des ravages qu’il a causés qu’une immunité collective solide contre la lignée d’origine B1 ne protège pas contre certaines versions mutées du virus. Cela montre ainsi les conséquences doublement criminelles du libéralisme de Johnson, Trump et Bolsonaro face à l’épidémie car d’avoir laissé mourir par milliers lors de la première vague n’a pas empêché les morts et les détresses respiratoires de la deuxième.

La restriction des libertés de circulation, confinements et couvre-feux, punissable en cas d’infraction de lourdes amendes, a été l’occasion pour le gouvernement français de limiter voire d’interdire l’expression syndicale. Sous la férule de Monarc 1er, les projets de cession des services publics vont bon train. Dans la RATP, les licenciements des travailleurs sous les anciens contrats ‘maison’ se multiplient en vue de la privatisation imminente des bus prévue pour 2022. Le projet Hercule pour EDF qui va scinder l’activité en trois entités fait pour complaire aux exigences de concurrence de l’Union européenne va démanteler une production intégrée d’électricité  au niveau national.

La petite bourgeoisie urbaine des pays occidentaux, semi-cultivée, empêchée dans son mode de vie, empêtrée dans des jugements souvent non fondés, s’est trouvé une vocation révolutionnaire. Elle a protesté contre la privation de ‘libertés’ quand lui furent imposés port de masque et distanciation physique. Cette réelle détresse exprime une réaction à l’entrave à sa consommation qui de toutes les façons est enfermée dans les faux choix du mode de production capitaliste. 

Une Hongroise chez les Turcs

Durant l’année écoulée, des indices nombreux avaient préparé les esprits à considérer qu’il fallait s’adapter à vivre avec ce virus, comme ce fut le cas à chaque fois que l’homme a rencontré des micro-organismes responsables de nouvelles maladies. Ce fut le cas à chaque fois qu’il a progressé dans la colonisation de la planète. Parmi les pathologies les plus anciennes, la fièvre des marais ou paludisme tue 500 000 personnes par an en raison d’une proximité de l’homme avec l’habitat d’insectes transmetteurs de parasites. La bilharziose, maladie parasitaire contractée sans hôte intermédiaire dans des eaux stagnantes, tue annuellement entre 20 000 et 200 000 dans des régions tropicales et subtropicales. Plus récemment, les épidémies mortelles dues au virus du Chikungunya et du virus Ebola témoignent de perturbations écologiques aux conséquences sanitaires souvent dramatiques.

La dispersion très facile de l’actuel coronavirus sur toute la planète en raison de sa capacité de survie dans le milieu extérieur, de sa transmission aisée par les voies aériennes en ont fait un problème rapidement planétaire en raison de la division internationale du travail et de l’intensité des échanges commerciaux. La solution ne peut s’envisager qu’à un niveau global.

L’attitude hautement criminelle de l’entité sioniste qui a délibérément privé le peuple palestinien de vaccination finira par se retourner contre elle. En effet, laisser croître des foyers épidémiques à proximité accroît la possibilité que surviennent des formes non sensibles aux efforts de prévention ciblant le “Peuple juif” exclusivement. Les travailleurs palestiniens dans la Palestine de 1948 sont exclus du programme de vaccination de l’entité qui a bloqué par ailleurs l’entrée des premières livraisons de vaccins aux deux millions de Gazaouis, toujours sous blocus depuis 2007.

Il conviendrait que soit pensée une stratégie vaccinale à l’échelle planétaire pour que soient couverts au plus vite plus de la moitié de la population mondiale dans des délais très brefs si l’on espère ne pas sélectionner des formes qui échapperaient à la vaccination conduite de façon anarchique et en tout les cas trop progressivement.

Pourquoi ne pas avoir lancé un vaste programme concerté avec une technologie éprouvée du virus inactivé. Certes, les épitopes sont en partie endommagés par le traitement chimique, certes, il faut adjoindre un adjuvant source très rarement d’effets secondaires, certes, cela impose de manipuler et de mettre en culture les virus avec les risques connus et mesurés que cela implique. Mais les chaines de fabrication sont aisées à réaliser car leur conception est maîtrisée, ce qui est un gain de temps. Les préparations vaccinales ne nécessitent pas des conditions de conservation et de transport très contraignantes.

En place et lieu d’une convergence résolue, le fractionnement des efforts a mis en compétition des fabricants privés soutenus massivement par des gouvernements occidentaux dominant le reste du monde grâce à leur monnaie imprimée selon leur besoin. Les bénéficiaires ont drainé à la fois les meilleures compétences disponibles et des ressources financières considérables, levée de capitaux sur les marchés financiers et commandes des Etats.

Il est vrai que la technologie de l’ARNm présente quelques avantages. Le virus n’est pas manipulé. Il n’est pas nécessaire d’adjoindre un adjuvant. Mais les chaines de production sont à concevoir avant d’être construites, la fragilité du matériel génétique est telle que beaucoup de fragments insignifiants contaminent un produit final à conserver dans des conditions de température drastiques et très coûteuses (-70°). Les retards constatés aux livraisons témoignent de la difficulté à assurer une qualité constante du produit final.

On estime que le prix de revient d’une dose injectée de Moderna ou de Pfizer s’élève à 15 euros contre 1,5 euro pour le vaccin d’Astra Zeneca, lui même assez sophistiqué puisqu’il s’agit, comme le vaccin russe Spoutnik V, d’une chimère que l’on sait produire en biologie moléculaire. On adjoint à un virus de chimpanzé non pathogène une instruction pour produire la protéine spiculaire.   

L’amplitude des effets secondaires est importante, inconnue avec les anciennes techniques. Elle a été estimée à près de 60% dans les deux études intermédiaires publiées par Pfizer et Moderna contre 20 à 30% chez les patients témoins. 

Les profits et le difficile cheminement d’une idée

 Le scandale financier de l’énergéticien Enron aux Usa au début des années 2000 nous a accoutumé à ce que ce soit la manne financière  récoltée par les actionnaires qui importe.  Les deux firmes qui ont été les premières, avec très peu de semaines d’avance, à présenter des résultats encourageants confiés secrètement aux responsables des gouvernements clients ont raflé la mise. On peut relever par contraste qu’Astra Zeneca a pris la peine de publier ses données dans une revue relue par des pairs, susceptibles en principe de comprendre et de critiquer les travaux qu’on leur confie. La commission européenne a tenu à ce que les contrats engagés avec les firmes soient tenus secrets aussi bien en terme de prix, de contraintes de livraison et de ‘respect’ du secret industriel. Cette opacité ne peut qu’accroître la méfiance des citoyens que ne convainquent plus les communications conseillées par la firme étasunienne d’ingénierie sociale, McKinsey. 

Il convient de souligner qu’il revient à une obscure chercheuse d’origine hongroise, Katelin Kariko, d’avoir obstinément cherché pendant des décennies à faire produire par des cellules de mammifères des médicaments en leur injectant l’ARNm codant pour ces molécules. Ses travaux, menés dans les pires difficultés, sans allocation de recherche, ont duré des années de 1990 à 2005.  Elle a fini par trouver au cours de sa collaboration avec l’immunologiste Drew Weissman à l’Université Penn de Philadelphie le moyen de feinter la vigilance du système immunitaire. Très rapidement, les brins d’ARNm synthétiques ayant une conformation reconnue immédiatement comme étrangère se font détruire, ils peuvent même mettre en danger le receveur en suscitant une violente réaction de rejet. Les nombreuses publications qui apportaient la preuve qu’un problème technique a pu être contourné n’ont pas reçu d’écho important. Les futurs fondateurs de BioNTech en Allemagne, le couple d’immunologistes turcs qui axaient leur recherche dans le domaine d’immuno-oncologie, ont compris qu’ils pouvaient tirer quelque profit de la manipulation d’ARN synthétique. Ils s’attellent à trouver des financeurs et créent leur entreprise en 2008.

Aux Usa, Derrick Rossi, un chercheur en post-doc à Stanford qui y a prêté attention, a  tenté de transformer des cellules adultes en cellules embryonnaires multi-potentes dans un but thérapeutique des maladies neuro-dégénératives. En 2009, il obtient quelques résultats. Il contacte un collègue de Harvard et, avec un professeur en ingénierie biomédicale, ils font appel à un entrepreneur qui avait déjà créé plusieurs start-up dans le domaine biomédical pour fonder Moderna en 2010. Un an plus tard, Moderna débauche le dirigeant de Biomérieux, le chimiste français Stéphane Bancel.

Les travaux pour faire avancer des thérapeutiques reposant sur l’injection de RNA synthétique se sont confrontés à une difficulté insurmontable. Le système immunitaire éduqué par la première injection rejette et détruit le matériel génétique injecté la seconde fois. Or, cette reconnaissance lors d’une prochaine exposition de l’intrus est le fondement de la conception d’une vaccination. 

Katelin Kariko avait été embauchée par BioNTech comme conseillère à la production en 2013.

Le séquençage du virus de Wuhan a été rendu public dès janvier par les virologues chinois. La connaissance accumulée des coronavirus de 2002-2003 et de 2012 a aidé à faire choisir la protéine spicule comme antigène cible. Les dirigeants des entreprises pharmaceutiques à l’affût de la bonne affaire ont vite compris, contrairement aux dirigeants politiques endormis par des conseillers indolents et sans doute incompétents, l’importance de l’épidémie à venir. Les deux équipes se sont immédiatement attelées à la tache, dès janvier-février 2020.

L’attention distraite par la presse dominante occidentale, on en oublierait presque qu’actuellement plus de cinquante vaccins candidats sont en cours de développement, dans leur deuxième ou troisième phase d’essais cliniques. En particulier, le Novavax, tout prêt à être finalisé et validé, offre la solution originale d’injecter la protéine spicule synthétisée dans des cellules bactériennes. Elle est produite dans sa conformation trimérique, encapsulée dans un réseau de tubules qui constitue son adjuvant. Très prometteur, il est pour l’instant le seul à avoir empêché l’arrivée du moindre virus Sars-Cov2 aux poumons du chimpanzé vacciné par cette technique. Il présente l’énorme avantage de ne pas nécessiter une chaîne de froid impossible à garantir pour la majorité de la population mondiale.

Cuba, la Chine et la Russie préparent également chacun un vaccin protéique.

Mais bien d’autres sont prêts à être employés. L’Occident a d’ores et déjà perdu la bataille sinon la guerre diplomatique sanitaire. La Russie et la Chine ont fourni près de 800 millions de doses vaccinales à 41 pays. La Russie vient d’offrir à l’Union africaine 300 millions de doses de Sputnik V quand avec une générosité d’un Harpagon condescendant, Monarc 1er va plaider pour que les pays du G7 transfèrent 3 à 5% de leur stock aux pays africains qu’ils ont contribués à appauvrir sans vergogne. Très investi dans la recherche biomédicale de pointe, Cuba est à la veille de lancer son programme de prévention de masse avec son propre vaccin, programme qu’il étendra aux touristes qui viendront visiter l’île sous blocus depuis 1962.

La guerre ou encore la course technologique dans cette pandémie n’est  pas de mise, elle se révèle péjorative dans son contrôle. 

Le système capitaliste basé sur la recherche du profit en exploitant un travail social qui est sa condition préalable tue plusieurs fois, même quand il prétend apporter des remèdes. La course (sans fin ?) à la vaccination des variants est désormais lancée.

Notes

(*) Le virus Sars-Cov-2 est constitué de son matériel génétique, une molécule d‘ARN simple brin enveloppée dans diverses structures. L’ARN avec sa protéine N de protection forme la nucléocapside. Cette structure est entourée par une enveloppe faite d’une protéine E et de protéine M (pour membrane). Dans cette enveloppe sont plantées les protéines spicule qui ont une partie interne à l’enveloppe mais dont l’essentiel est à sa face externe. Elles sont vues en microscopie électronique comme une couronne d’où le nom de cette famille de virus.  

La protéine S s’attache par une partie de sa surface appelée RBD à une structure, l’ACE2 qui est une enzyme présente à la surface de la majorité des cellules de l’organisme. L’ACE2 intervient physiologiquement en captant l’angiotensine I une protéine fondamentale, dans la régulation de la tension artérielle et de la perméabilité vasculaire pour contrebalancer les effets  d’autre  récepteur l’ACE. Indépendamment du fait que l’ACE2 est la porte d’entrée du virus dans les cellules de l’hôte, on ne sait pas si l’occupation virale de cette enzyme participe à la pathogénie du virus.

(**) Une transcriptase inverse qui transforme l’ARN en ADN et des enzymes de coupure et d’insertion, des intégrases. Il n’y a aucune possibilité qu’un morceau d’ARN s’insère spontanément dans le patrimoine génétique des cellules eucaryotes. Autant admettre alors que l’infection par elle-même, productrice de quantités considérable d’ARN par la cellule infectée, permet l’intégration de ce matériel étranger à l’espèce et au noyau  dans l’ADN.